Interne des hôpitaux de Marseille en 1904, Jean Fiolle passe sa thèse à Lyon en 1909. Elève d’Edouard Delanglade, il est le premier, à Marseille en 1913, à réaliser avec succès la cure d’une plaie du cœur.
Jean Fiolle est mobilisé en 1914 et affecté à une "ambulance chirurgicale". Cette expérience le conduira à publier, en collaboration, un ouvrage sur l'abord large des vaisseaux profonds qui a transformé la pratique de la chirurgie de guerre. Nommé chirurgien des hôpitaux en 1920, il obtient en 1932 une chaire de clinique chirurgicale. Membre de l’Académie de chirurgie, officier de la légion d’honneur, il préside en 1948, le Congrès Français de Chirurgie.
Homme de lettres, il publie plusieurs romans, peintre, il expose dans les galeries parisiennes, humaniste, il développe ses idées dans "Science et scientisme" et "Crise de l'humanisme" où il s'insurge contre les excès de l'esprit pseudo scientifique.
Jean Fiolle a été un des maîtres de la chirurgie française et un grand humaniste.